1、微生物菌劑施用時間一般為清晨或者陰天。微生物菌劑中的芽孢桿菌不能在陽光下直射，會使其繁殖、代謝等活動受到影響，甚至會是去活性，一定要避免在炎熱高溫的天氣使用。2、微生物菌劑對土壤條件要求比較嚴格，像土壤水分含量、有機質含量、以及pH值的大小都會影響其作用的發揮。一般菌適宜生存在含水量60%-70%的土壤中，所以施用后應立即澆透水，菌肥和有機肥混合施用，可以明顯提高土壤中有機質的含量。3、微生物菌劑不應該長期放置，應該隨用隨買；使用前應該存放陰涼干燥、通風處，避免受熱、受潮以及陽光直射；肥料開口后應一次用完，否則會導致其他菌進入，污染肥料中的菌。4、微生物菌劑不要與能夠殺死有益菌的物質一同使用，菌劑因為里邊含有大量的有益活菌，所以嚴禁與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥(如硫酸鉀等)以及稻草灰混合用。因為這些農藥或者肥料中的物質會很容易造成菌的失活，導致其失去效果。如果要施用的話，應**少間隔48小時后再用。5、微生物菌劑不能隨意混合化肥施用。雖然菌可以與化肥、有機肥等混合施用，但是這并不意味著可以隨意混合。當化肥中氮磷鉀等元素的總含量超過7%時就會在很大程度上***菌的活性。于各種常用化肥·有機肥配合使用，提高肥料的利用率，增產增收效果好。云南低價生物菌肥品質保障
誤區2：種類混亂，分不清使用的是菌劑還是菌肥農用微生物菌劑是指目標微生物（有益菌）經過工業化生產擴繁后制成的活菌制劑；微生物菌肥包含復合微生物肥料和生物有機肥，分別指目的微生物經工業化生產增殖后與營養物質和主要動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經無害化處理的有機物料復合而成的活菌制品。菌劑、菌肥比較大的區別在于產品中營養物質及有機物料的含量，使用中需結合實際需求選擇對路產品。誤區3：認為一種產品中菌的種類越多、菌種數量越大越好復合菌劑的使用效果會受到不同菌種生長習性的影響，盲目的復合，極易造成菌種間的拮抗，影響效果發揮。產品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的標準為“有效活菌數（CFU）”，有效活菌數量越大效果越好。此外，菌的純度也至關重要，當產品中霉菌雜菌數及雜菌率超標時也會影響應用。市場上少數不合格產品中含有致病菌，不僅修復不了土壤，還會導致病害發生。內蒙古濕地生物菌肥市場報價近幾年， 隨著“綠色農業”的興起和發展，重視農產品的品質，生物肥料的生產和發展也越來越受到人們的重視。
生物菌肥根據其作用不同，又可分為5類：有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮藍藻等；分解土壤有機物的菌肥：包括有機磷細菌和復合細菌等；分解土壤中難溶性礦物的菌肥：包括硅酸鹽細菌、無機磷細菌等；促進作物對土壤養分利用的菌肥：包括菌根菌等；抗病及刺激作物生長的菌肥：包括抗生菌、增產菌等。豐富的有機質還可以改良土壤物理性狀，改善土壤團粒結構，從而使土壤疏松，減少土壤板結，有利于保水、保肥、通氣和促進根系發育，為農作物提供適合的微生態生長環境。
誤區4：一個季節使用一次就可以，一次使用作用可持續多年部分微生物菌種施入土壤后會大量繁殖，當數量達到一定程度后成為優勢菌群，但外部環境的改變會導致有益菌死亡，從而影響有益菌群在土壤微生物系統中的地位，要繼續保持其地位，就需要在作物的生長期多次使用微生物肥料來補充有益菌。誤區5：不注重菌的種類，認為一種菌可以解決多種問題少數用戶缺乏對癥用菌的意識，選購產品時只注重是否含菌，而不關注菌的種類，使用不對癥的菌品種后，達不到所需目的。現階段在農業部獲得登記的微生物品種有9種，具有不同的功能，要結合需求、菌種特點、菌種功能選用對癥的產品。誤區6：超過保質期使用就沒有效果國家標準規定，“農用微生物菌劑產品”及“有機物料腐熟劑產品”液體制品保質期為3個月，粉劑及顆粒制品為6個月。超過保質期并不意味著產品沒有效果，要區別對待。生物菌肥采用了先進的微生物技術，通過選育和培養特定的菌種，將有益微生物引入土壤中。
通過上表我們看到，有機物料腐熟劑同為執行《農用微生物菌劑GB20287-2006》的生物菌類產品，此類產品容易與農用微生物菌（肥）劑類產品混淆，注意要分清。此類產品的主要技術指標是：有效活菌數(cfu)含量為億個/g或mL，粉劑和顆粒都要求≥0.5億個/g，而液體要求≥1.0個/mL）；纖維素酶活（以農作物秸稈類為腐熟對象測定纖維素酶活），U/g（mL）≥30U，蛋白酶活（以畜禽糞便類為腐熟對象測定蛋白酶活），U/g（mL）≥15U。農用微生物菌劑和有機物料腐熟劑的保質期均為6個月（液體劑型的為≥3個月。打破了普通有機肥的“專一性”“局限性”的固有弱點，這是其它生物肥料無法比擬的。廣西低價生物菌肥
土壤由礦物質、有機質和微生物三大部分組成，是農作物生長發育的基礎。云南低價生物菌肥品質保障
施用溫度：要合理施用菌肥的比較好溫度是22℃－35℃，低于5℃，高于40℃，施用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。在對溫室大棚里的土壤或蔬菜育苗用營養土消毒后，至少要經過10-15天，才可以施用生物菌肥，切記不可施用生物菌肥后再實行土壤消毒。不應同時使用菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑。一般先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。施用地塊：生物菌肥的使用效果和土壤的情況有關。土壤太旱或太濕都不利于生物菌肥效力的發揮，適宜的土壤濕度為60%左右。要適宜對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫元素能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒施，用噴霧的方法效果會好些。對于生物有機肥，采用穴施或溝施的方式進行，不建議沖施。復合微生物肥則多采用葉面噴施、沖施等方式進行。生物菌肥如果在水田使用，比較好于清晨或傍晚采用噴施的方法云南低價生物菌肥品質保障
