沒有根據田間實際狀況對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。沒有根據土壤墑情施用菌肥的比較好溫度是25℃～27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果較差。同時還應掌握固氮菌適宜的土壤濕度為60%左右，即見干見濕的土壤濕度**為適宜。和其他農藥混用，降低活性為防止活菌致死注意千萬不要與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫化肥，如硫酸鉀等以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。在施用時，若施菌肥與防病蟲、除草相矛盾時，可先施菌肥，隔48小時后再打藥除草；若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。同時還應防止與未腐熟的農家肥混用，因為農家肥在腐熟的過程中會發酵，這樣會直接殺死生物菌。土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它們能夠分泌***，***病原微生物的繁殖。江蘇生物菌肥技術指導
促進快速生長：能產生刺激作物生長的生物***。菌肥中的微生物在土壤內的生命活動過程中，會產生大量的赤霉素和細胞***類等物質，這些物質在與植物根系接觸后，能調節作物的新陳代謝，刺激作物的生長，從而使作物產生增產效果。調節生命活動，增產增收：菌群中的膠凍樣芽孢桿菌、側孢芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌等有益菌可促進作物根系生長，須根增多。有益微生物菌群代謝產生的植物內源酶和植物生長調節劑經由根系進入植物體內，促進葉片光合作用，調節營養元素往果實流動，膨果增產效果明顯。與施用化肥相比，在等價投入的情況下可增產15%~30%。重慶低價生物菌肥市場報價強降雨也會讓菌肥效果降低。大多數微生物菌肥中的菌都是有氧細菌，需要有氧呼吸。
化肥中不含有機質、腐殖質，因此大量使用化肥，土壤由于有機質和腐殖質的缺乏，土壤團粒結構遭到破壞，造成土壤板結，農植物產量下降。化肥利用率低，氮肥因為易揮發、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因為磷酸根化學活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。化肥大量使用使蔬菜瓜果品質**下降。由于作物不僅只需要氮磷鉀，同時還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，而化肥一般成分比較單一，所以長期使用化肥必然導致土壤中所含養分趨于單一，易使作物營養失調，從而導致作物內部轉化合成受阻，必然導致作物品質下降，瓜不甜，菜不香。危害人體健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸鹽含量超標，而亞硝酸鹽與胺類物質結合形成N-亞硝酸基化合物為強致*物質。化肥的大量使用，還造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。化肥的長期低效施用，往往造成土壤中某些元素的過分積累和土壤理化性質的變化及環境的污染。從中國大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依賴化肥，由此形成惡性循環。
與化肥混用要注意化肥用量不能過大。高濃度的化學物質對菌肥里的微生物0害作用，尤其注意不能與碳酸氫銨等堿性肥料和硝酸鈉等生理堿性肥料混用。***，注意千萬不要與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫化肥，如***鉀等以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。在施用時，若施菌肥與防病蟲、除草相矛盾時，可先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。同時還應防止與未腐熟的農家肥混用，因為農家肥在腐熟的過程中會發酵，這樣會直接殺死生物菌。土壤中的有益微生物直接參與土壤中物質和能量的轉化、腐殖質的形成和分解、養分的釋放。
菌肥中的菌賴以生存的條件是有機質。而80%以上的果園都在施用無機化肥，土壤板結透氣性差，使得一些厭氣菌大量繁殖，如鐮刀菌、齊整小核菌等，菌種的繁殖跟擴散需要有機質跟濕度合理搭配。更嚴重的是有機肥極度缺乏破壞了土壤的團粒結構，降低了土壤的保肥保水能力。果農施商品有機菌肥一般每畝都在40公斤左右，有機質很快被分解利用，有機肥中的菌種失去賴以生存的條件不能繁衍生存，大部分死亡。這就是果農在施用商品有機菌肥中發現的地厚施有機菌肥有作用而地薄無作用的道理。《農用微生物菌劑GB 20287-2006》是沒有有機質、氮磷鉀的要求。但是菌含量、雜菌率等質量要求。寧夏大豐收生物菌肥價格實惠
微生物菌肥，含有多達十余種高效活性有益微生物菌，適用于各種作物使用，可提高養分利用率，具有廣普性。江蘇生物菌肥技術指導
采集原始菌群比較好在當地林木茂密的山上選點，樹木越多，生長年頭越長，其林下積累的枯枝落葉就越多，這些枯枝落葉在各種生物菌的作用下形成厚厚的一層落葉土，這種落葉土就富含各種土著菌。采集時間比較好在早春進行，早春的溫度較低，有利于發酵用酵母菌的繁殖，而不利于細菌、放線菌等的繁殖。米飯是微生物的喜歡，用電飯煲蒸一鍋米飯；等米飯涼后松散開，并埋入林下的落葉土中；大概10天左右米飯中就會出現大量白色的菌絲(溫度高時時間會短些)；這樣米飯團就變成了富含各種土著菌，特別是酵母菌的原始菌群了(圖1)。其實在林下收集有白色菌絲的樹皮、落葉也可用來直接制作菌劑。方便的地方直接用落葉土(10%的比例)和堆肥原料一起堆肥也可以。a.將米飯埋入落葉土中。b.取出富集原始菌的飯團。c.收集到的原始菌群。d.將原始菌群和麥麩一起發酵。e.及時翻倒。f.將陰干的菌肥裝袋放置：江蘇生物菌肥技術指導
