選擇質量合格，過期不能用。[1]菌肥必須保存在低溫（適溫度4～10℃）、陰涼、通風、避光處，以免失效。有的菌種需要特定的溫度范圍，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒溫箱內，有效期為一年，而一些芽孢桿菌要根據生產質量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的達不到半年就失效，所以菜農應謹慎選擇菌肥產品。二、根據菌種特性，選擇使用方法。建議大家在使用生物菌肥的時候，基施可用方法有：撒施、溝施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分可以穴施效果更佳。不建議沖施生物菌肥，這樣效果不佳，但是可以灌根，主要針對液體生物菌肥。三、盡量減少微生物死亡。施用過程中應避免陽光直射；蘸根時加水要適量，使根系完全吸附。蘸根后要及時定植、覆土，且不可與農藥、化肥混合施用，特別是現在很多菜農為防治根莖部病害，使用農藥灌根，如多菌靈、惡霉靈、硫酸銅等藥劑，***、細菌都能防治，但對菌肥中的有益菌也有殺滅作用，所以建議使用菌肥后不要再用農藥灌根。因此，在植物根際施用微生物肥料，就可以增加根際土壤中的有益菌的數量和活性，導致土壤肥力的增強。內蒙古經濟型生物菌肥價格便宜
靠見效速度評價產品好壞，認為見效快的就是好菌劑或菌肥肥料效果的發揮與微生物菌群繁殖速度、菌群數量關系緊密，菌群生長存在周期，這是與化學肥料和植物調節劑的比較大區別，也就出現了微生物肥料***性不如后兩者的現象。見效慢并不意味著品種是無效果的，能在較短時間內看到作物長勢明顯改善的品種未必是好品種，其中也不乏一些添加了植物調節劑的品種。使用生物菌肥一定要投入有機肥。如果沒有有機肥純使用生物菌效果也不好，生物菌需要一定的，有機質進行分解，進行繁殖，生物菌有糧食，它吃飯才進行繁殖，多施點有機肥才能繁殖，長得比較好。湖北濕地生物菌肥制造商全國目前大約有2億畝耕地在利用上都存在食品安全、生態安全問題。.
不注重菌的種類，認為一種菌可以解決多種問題。超過保質期使用就沒有效果國家標準規定，“農用微生物菌劑產品”及“有機物料腐熟劑產品”液體制品保質期為3個月，粉劑及顆粒制品為6個月。超過保質期并不意味著產品沒有效果，要區別對待。少數用戶缺乏對癥用菌的意識，選購產品時只注重是否含菌，而不關注菌的種類，使用不對癥的菌品種后，達不到所需目的。現階段在農業部獲得登記的微生物品種有9種，具有不同的功能，要結合需求、菌種特點、菌種功能選用對癥的產品。
首先，要選擇正規廠家的產品。具備農業部微生物肥料登記證，包括：微生物菌劑登記證、生物有機肥登記證，或復合微生物肥料登記證；其次，要核對執行標準。農用微生物菌劑執行的是國家標準，為GB20287-2006，生物有機肥和復合微生物肥執行的是行業標準，分別為NY884---2012和NY/T798-2015；再次，要查看包裝袋上菌數的標注。菌劑中的有效活菌數液體含量要≥2億/克顆粒的要≥1億/克，生物有機肥和復合微生物肥中的有效活菌數含量要≥2000萬/克。在滿足以上3個條件的情況下，用戶可以根據所需要的功能選擇含有特定功能菌種的微生物菌肥。菌肥的質量要看其所含“有效活菌”的數量，活菌越多效果約好，特別說明要是活菌！菌劑是農用微生物菌劑的簡稱，對應的標準是《農用微生物菌劑》。
滿足生物菌肥肥效發揮條件。有機生物菌肥內含有大量的土壤微生物菌劑，這些微生物能夠釋放土壤中的不可溶性磷鉀等肥料元素，施用后增效顯著。但是，這類微生物多是好氣性菌類，它們的一切生命活動，都需要適宜的溫度、水分和適量的氧氣。因此，必須在高溫燜室以后才能施用，以免燜室時因土溫高，使之失去活力，而且要淺施，入土深度5～8厘米為好，不可深于10厘米，防止深層土壤氧氣不足，影響微生物的活性，降低使用效果。施用菌肥要注意田間實際狀況。對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒肥，可采用噴霧的方法，效果更明顯。一般的生物菌持效期都是在90天左右。因為馴化后的活菌**多只能保持2~3代的現有性狀繁殖，然后出現退化。西藏原產地生物菌肥售后保障
減少土壤板結，有利于保水、保肥、通氣和促進根系發育，為農作物提供適合的微生態生長環境。內蒙古經濟型生物菌肥價格便宜
適量施用土壤中施入較多的菌肥，雖然不會出現燒根燒苗現象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，雖然不會向化學肥料那樣造成蔬菜燒根死苗，只是蔬菜植株體內鹽類積累增加，有害消費者的圣體健康，惡化土壤質地，但起碼增加了肥料投入成本（因為生物菌肥價格較高），降低蔬菜的栽培效益。因此，應根據不同作物的需要和土壤養分狀況，科學地確定生物菌肥施肥量，才能達到增產增收的目的。在土壤狀況比較正常的情況下，一般以畝（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右為宜。如果土壤鹽漬化程度較高，可適當增加生物菌肥的施用量。一般根據土壤的鹽漬化程度高低，每畝（667平方米）可適當增施10～20公斤為宜。內蒙古經濟型生物菌肥價格便宜
