2016年，湖州港航部門加大運力結構調整力度，引導水運業主淘汰落后產能，發展標準化、大噸位船舶，營運船舶單船平均噸位由2015年底的331.6載重噸提升到444.4載重噸，位列全省內河航區第一。

一是淘汰落后產能。積極推進內河船型標準化工程，引導水運業主發展標準化、大噸位船舶，淘汰船齡長、能耗高、效益低的老舊落后產能。自2016年11月初啟動新一輪老舊船舶拆解淘汰工作后，共完成拆解55艘、9844總噸，發放補貼資金128.88萬元，轉出本市船舶23艘、1.11萬載重噸；新增船舶66艘、6.72萬載重噸。本港注冊營運船舶由2015年底的4553艘下降至2016年底的4259艘，凈減294艘，運力規模由2015年底的148.5萬載重噸上升至2016年底的185.9萬載重噸，凈增37.4萬載重噸，單船平均噸位提高了112.8載重噸。隨著拖帶式駁船和船齡長、噸位小的單船退出水運市場，新建船舶投入營運，且新建船舶平均噸位達到1079載重噸，全市營運船舶單船平均噸位快速提升，擁有200噸級以上船舶3590艘、177.7萬載重噸，分別占全市總運力的84.3%和95.6%。

二是發展特種船舶運輸。鼓勵水運業主經營內河集裝箱船、散裝水泥船等特種船舶運輸，安吉上港國際港務有限公司2016年新增3艘、144標箱集裝箱船舶，浙江眾欣航運有限公司新增9艘、472標箱集裝箱船舶，湖州鑫漢國際物流有限公司新增1艘、48標箱集裝箱船舶，德清普泰航運有限公司新增3艘、182標箱集裝箱船舶，全市集裝箱船舶運力由2015年底的33艘、1488標箱增加到2016年底的49艘、2334標箱。全市擁有特種船舶313艘、16.7萬載重噸。