如皋港擁有兩條長江主航道、一條跨江航道，如海運河、如皋港引河、焦港河三條一級內河與長江相通，形成江海河聯運格局。

根據江蘇省經信委批準的如皋港現代物流總體規劃，如皋港現代物流園規劃面積12.4平方公里，其中，現代綜合物流園面積5.88平方公里。將建成以發展集裝箱、大宗散雜貨、液體化學品等為主要經營品種的“八大港口作業區”，保稅物流中心、倉儲加工中心、信息交易中心、城市便利中心、貨運物流中心的“五大中心”和“一個物流總部經濟基地”，發展空間廣闊，港口特色鮮明。目前港口已建成15萬噸級碼頭2 座、5萬噸級碼頭15座， 萬噸級碼頭18座，正在建設萬噸級碼頭2座，5000噸級碼頭16座。規劃建設5萬噸級碼頭11座、2－3萬噸級碼頭3座、5000噸碼頭36座、千噸級碼頭36座，進一步擴大港口碼頭的集散能力。同時人工開挖長青沙長江內港池（5000萬噸級）、泓北沙長江內港池（萬噸級）、又來沙長灑內港池（5000噸級）、戴案港長江內港池（千噸級），新增內港池岸線12公里。

在此基礎上，南通物流園如皋規劃港口物流總部經濟基地，規劃面積300畝，物流總部大廈“皋港金驛大廈”，集研發、辦公、呼叫、產業、信息化、第三方、第四方物流和貿易為一體，形成了現代化港口物流總部經濟區。